Es una disciplina central en el estudio de los procesos evolutivos. Empleando herramientas moleculares y de genética clásica, pretende entender el origen de la variación por mutación y recombinación. También describe los patrones de variación genética dentro y entre poblaciones y especies, y emplea métodos empíricos y teoría matemática para descubrir cómo esta variación es afectada por procesos tales como deriva genética, flujo génico y selección natural. La teoría matemática de genética evolutiva es esencial para interpretar la variación genética y para predecir los cambios evolutivos cuando muchos factores interactúan. También provee los fundamentos para entender la evolución de clases especiales de caracteres, tales como la estructura del genoma y las historias de vida.
La teoría de la evolución de las especies es en el panorama científico actual lo que su nombre indica: una teoría. Hay muchos aspectos del trabajo de Darwin que han sido dados por comprobados por la ciencia y no debe haber ningún tipo de duda en ésos casos. El problema es que de la Teoría de las especies se pretende hacer Ideología, y ahí surge el problema. Hay grandes agujeros en el trabajo de Darwin y hay también grandes errores. Solamente pensar que en tiempos de Darwin no se había descubierto el ADN y en consecuencia Darwin ignoraba las propiedades de la genética en la raza humana nos lleva a dejar como científicamente inservibles muchas de las afirmaciones de Charles Darwin. Sin entrar en un apasionante tema del que los ideólogos de Darwin emiten hablar: no se ha encontrado ni un solo fósil de “especie de transición”. Es decir: si una especie animal da origen a otra debería encontrarse la cadena fósil en la que pudiéramos observar ésa transformación, por ejemplo, del caballo a la cebra. No existe nada de eso.
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